段祺瑞可以說是北洋三傑中最大的實權派。袁世凱生前和段祺瑞多有不合，卻又不得不用他。
袁世凱臨死前託孤寄命的一共有4個人，段祺瑞，王士珍，張振芳，徐世昌，還有「太子」袁克定。袁臨死前口中只說出約法兩個字，約法有新有舊。舊約法規定，總統不能履行職權時，應由副總統繼任。袁世凱自己弄的新約法規定，關於總統的繼任者應由現任總統提名三個人，寫在名單上藏之金匱石屋，待總統死後取出來，在三位候選人中，決出一人繼任總統，袁世凱寫下的三個人的名字是黎元洪，徐世昌和段祺瑞。據說段祺瑞這個名字原來寫的是袁克定，但是袁臨死前眼看大勢已去，眾叛親離，知道自己死後，眾人不可能擁立他的兒子，所以瞞著袁克定偷偷改成了段祺瑞。
這是袁世凱過世以後幾位大佬推舉總統時候，徐世昌說的原話：
袁大總統逝世，舉國悲痛，然國不可一日無主，否則國家就會大亂。世昌與故總統相交數十年，素來無意名位，得相城繆愛，忝列金匱名單之中，實在惶恐。世昌在此向諸位聲明，世昌無心總統大位。依我之愚見，黎副總統繼任大總統之位是再合適不過了。
相反，如果力捧段祺瑞當總統，就可能引起北洋內部其他勢力，尤其是馮國璋的反對，這搞不好就會導致北洋內鬥，引發內戰。徐世昌為了北洋整體利益，故而推薦比較弱勢的黎元洪出來當這個傀儡。
當時護國軍和北洋軍還在對立，護國軍方面堅持依舊約法由副總統黎元洪繼任。而根據新的約法，黎的名字也寫在第1位。段祺瑞雖是北洋正統，大權獨攬，卻也難在法理上找到說詞。
在實際情況來看，袁世凱死後，他所培植的北洋軍閥也面臨分裂的危險。這時候如果段出來當總統，其實對維護北洋派的團結也是不利的，容易引起內鬥。而黎元洪性格軟弱，人稱黎菩薩，以副總統的名義被袁世凱軟禁在北京，沒有實權。如果黎元洪當了總統，因為沒有北洋背景，北洋軍人便會馬上視其為異己，對黎有所防備。因為他是外人，他當了總統反而有利於北洋的團結。所以擁護黎元洪當總統，對段祺瑞來說，也是把北洋派籠絡在自己周圍的一種手段。擁護黎元洪來做總統，護國軍也會同意，也避免了北洋派成為眾矢之的，同時黎雖然聲望比較高，卻沒有任何實權，方便作為傀儡操控。
雖是如此，但段祺瑞心裡也非常不甘心。他從清末官爵比黎元洪高很多，從心裡比較鄙視黎。這在一件小事中可以看得出來：顧命大臣們商議定了由黎來接任總統之後，段祺瑞叫張國淦一起去拜訪黎元洪。進入客廳後，段祺瑞向黎三鞠躬，黎欠身答禮後段便落座一直不開口，三人六目相對，呆坐了大半個小時以後，段才起身告辭，黎元洪一頭霧水。這充分說明了，段不得不抬舉黎當總統，但是內心又對此事反感無奈的複雜心情。
袁世凱採用的總統制，總統集大權於一身。而袁世凱死後，段祺瑞實際上採用的是責任內閣制，段祺瑞作為內閣總理，擁有實權。黎元洪就職之後，沒有實際力量，對任何事情都沒有決定權，只能是在定好的事情上簽字蓋章。
黎元洪和段祺瑞不合，也有其歷史原因。黎元洪做湖北都督時，袁世凱幾乎是以綁票的形式，把黎元洪從湖北押送到北京，從此以後被軟禁在北京，做了政治俘虜，抓他過來的人他的人就是段祺瑞。袁死後，段祺瑞去見黎，又是一言不發，簡直是對其羞辱。但一直認為是他自己抬舉黎當總統，事實如果不是段祺瑞出面擁黎，北洋派的軍人也不可能擁黎做大位。黎元洪接任總統後，段祺瑞也不把他放在眼裡。
黎段一直不合，勢同水火。所有段推舉主張的事情，不管有沒有道理，黎一般都會反對。最後推退馮國璋，就是不給段當總統。