天啟年間，後金攻克遼東以後，毛文龍率明軍殘部退守到皮島，與關外的明軍呈掎角之勢牽制八旗兵。對滿人來說，皮島就像一塊頑疾，從努爾哈赤到皇太極，後金統治者始終在策劃攻下皮島。
崇德二年，武英郡王阿濟格訂定了策略，將主力分為兩路，夾擊皮島。少量後金艦隊佯攻，主力八旗兵乘坐輕舟繞後主攻。在這場戰役中，從軍未久的鰲拜毛遂自薦，主動要求率領主力直插要害。為了取得阿濟格的信任，鰲拜也立下軍令狀，稱「不得皮島不得見王」。
鰲拜未曾想到的是，駐紮在皮島的毛文龍部久經沙場經驗豐富，早已嚴陣以待。鰲拜的主力軍渡海時，遭到明軍的火砲轟擊，一時間清軍攻勢受阻，情況十萬火急。鰲拜冒著砲火，率眾登陸，與明軍進行白刃戰。鰲拜部牽制了大量明軍，最後一舉攻克了皮島。
拔掉了皮島這顆釘子後，皇太極大喜過望，親自寫下祭文告慰努爾哈赤，向已亡故的父親傳達喜訊。對皇太極而言，皮島雖然只是一塊海外飛地，但它的戰略意義卻絲毫不遜於其他陸地上的軍事要地。所以，皇太極大幅度的嘉獎了參與皮島之戰的八旗將士。
在這場戰役中，鰲拜表現突出，獲封三等男爵，還被賜予“巴圖魯”的稱號。
四年後，鰲拜追隨鄭親王濟爾哈朗進攻錦州城。明總督洪承疇聽聞後金軍動向後，立即調遣十三萬明軍馳援錦州，於同年八月駐入松山，策應錦州守將祖大壽。由於明軍火力猛烈，濟爾哈朗所轄的主力軍損失慘重。不過，當時鰲拜所率領的鑲黃旗精銳接連打了五場勝仗，一時穩住了遼東戰況。
錦州難攻不落，皇太極不得不御駕親征。面對洶洶來襲的清軍，洪承疇指揮軍隊兵分多路突破包圍圈。值此之際，皇太極等多路清軍從錦州大路進發，沿途截殺明軍。鰲拜、阿濟格、尼堪等部沿海截擊明軍，連續告捷。這場松錦會戰奠定了清軍勝利的基礎，從這以後，明朝一蹶不振，覆滅只是時間問題。
因為在這場戰役中表現出色，鰲拜被任命為護軍統領，成為八旗軍中舉足輕重的人物。入關以後，鰲拜的主要任務不再是追擊明軍，而是追擊大順軍。順治元年，鰲拜繼續追隨老上司阿濟格，向陝北進發，進攻已退守到西安的大順軍。鰲拜取道內蒙，南下陝北，連續打下四座城池。
連戰連捷的鰲拜震懾了大順軍，一時間陝西諸城紛紛聞訊投降，鰲拜不費一兵一卒拿下三十八城。鰲拜乘勝追擊，聯合趕來的多鐸軍，兩軍合為一路進攻西安。面對清軍的圍追堵截，李自成不得不放棄西安，向湖廣退兵。阿濟格等部奉命對大順軍進行追剿，鰲拜兵分水陸兩路，先後與大順軍進行了十三場追擊戰，全部得勝。順治二年，李自成於九宮山一命嗚呼，農民軍土崩瓦解。在與大順軍作戰期間，清軍總共打下了六十三座城池。
擊敗了大順軍後，鰲拜奉命追隨豪格親王討伐大西軍。在與大西軍的首戰中，鰲拜再次身先士卒，一馬當先，與大西軍於西充交戰。在這場戰役中，大西軍節節敗退，張獻忠也戰死沙場。在鰲拜的率領下，清軍接連拔營奪寨，先後攻破一百餘座大西軍營壘，殺敵萬餘名，繳獲牲畜一萬兩千頭。擊潰了大西軍主力後，鰲拜繼續率主力深入，將川陝一帶的農民軍清掃殆盡。在這場戰役中，鰲拜再次居功至偉。
鰲拜一生戰功赫赫，這些功勞足以讓他成為朝中舉足輕重的武將。正因如此，在幼帝玄燁登基時，鰲拜才會被任命為四大輔政大臣之一。在這四位大臣中，索尼是個典型的“老油條”，隨遇而安的索尼不參與任何政治鬥爭，而是採取明哲保身的戰術保全自己，從不主動出頭；遏必隆則是一棵“牆頭草” ，他的性格非常怯懦，能力平平，並未明確表達自己的政治傾向，十分油滑。對於鰲拜而言，唯有蘇克薩哈能與其抗衡。在老謀深算的索尼生前，鰲拜尚不敢輕舉妄動。
不過，在索尼過世後，鰲拜立即反攻倒算，除掉了蘇克薩哈。從這以後，鰲拜在朝堂上一家獨大，成為權傾朝野的“土皇帝”。