紀曉嵐“學究天人，胸羅萬象，所謂無書不窺，無技不絕”，不過學識雖高，卻懶於著述。他曾說：「吾自校理秘書，縱觀古今著述，知作者固已大備，後之人竭其心思才力，要不出古人之範圍。其自謂過之者，皆不知量之甚者也。他對中華學術的最大貢獻，是主持編纂成功了《四庫全書》。
嘉慶九年(公元1804年)秋，紀曉嵐偶染風寒，臥榻數日不起，身體虛弱無力，這是他一生所未有過的事，因此讓在京的子孫們頗感吃驚，紛紛圍繞在床前噓寒問暖。有一天，紀曉嵐午睡，夢見行路時遭李戴攔截，不得前進。他醒來後回憶當年李戴死前在獄中喊過的話：「到了陰曹地府也要告你三狀!」不由得心中一驚：莫非自己大限將至?於是將三子汝似、四子汝億和幾個孫子召至床前，對他們說：「我以三十一歲入翰林，至今已歷五十春秋，領纂四庫書時，又得以遍讀世間之書，人間的酸甜苦辣、艱辛險阻，可謂全然皆知。入鹽行;賤莫做奴役，貴莫貪賄臟。
嘉慶帝得知紀曉嵐患病，特命禦醫到紀府調治。不過這次得病，只是虛驚一場，紀曉嵐不久又能上朝了。轉年正月十六，紀府迎來一件大喜事--嘉慶帝頒布諫，命紀曉嵐為禮部尚書、協辦大學士，加太子少保，管國子監事。
二月十日，紀曉嵐再次病倒。好友朱珪來看他時，他拉著朱珪的手說：「驚擾仁兄，且莫為我擔心，還是老毛病，口中湧痰，朱公放心便是!」十四日，紀曉嵐病勢垂危，氣息微弱，昏昏沉沉。掌燈時分，他從昏睡中醒來，精神異常興奮，但自知此乃迴光之兆，於是對一直守在他床邊的汝似、汝億說：「生老病死，乃人世之常理。為父已八十有三，即使畢命歸天，也稱得上是壽盡天年了。我也就放心了。
汝億的媳婦見公爹醒了，忙了碗蓮子羹。汝億接過來端在手裡，用羹匙一匙一匙地餵給他喝。紀曉嵐只喝了小半碗，就示意不喝了。他清了清嗓子，慢慢地說：「我想了一個對子，你們對對吧!」不等兒子們回答，他已吟出：「蓮(憐)子心中苦。」說完他靠在床邊閉上眼睛，汝似、汝億看著父親奄奄一息的樣子，哪有心思對對子，但又不好違背，只好站在一旁不說話，佯作沉思。紀曉嵐微微睜開眼，話音已越來越弱：「何不…對…對：『梨子(離)兒…腹…內…酸。』」說完便閉上了眼睛，與世長辭了。
嘉慶帝得此噩耗，立即派了散秩大臣德通帶領10員侍衛前來祭奠，賞賜陀羅尼經被一條、白銀500兩治喪，賜諢「文達」。遵紀曉嵐遺囑，喪事辦得非常簡樸。隨葬的東西，只有一串朝珠、一頂玉製帽盔和他的印盒、玉蟬等少許物件。